Almennt séð er hægt að skipta vatnsflöskum fyrir börn í þrjár megingerðir eftir efni þeirra: Gler, ryðfríu stáli og plasti. Hver tegund hefur sína kosti og galla. Foreldrum er bent á að velja viðeigandi vatnsflösku fyrir börn sín út frá þörfum þeirra.
Gler: Gler er algengt efni í ílát. Það þolir allt að 100 gráður á Celsíus, er öruggt og ekki-eitrað, sem gerir það að öruggasta valinu. Hins vegar er það viðkvæmt og brotnar auðveldlega, sem gæti skaðað börn ef það brotnaði fyrir slysni. Vatnsflöskur úr gleri eru líka þungar og óþægilegar að bera þegar þær eru úti. Þess vegna er ekki mælt með því fyrir ung börn.
Ryðfrítt stál: Flestar vatnsflöskur úr ryðfríu stáli geta haldið drykkjum heitum eða köldum. Þau eru léttari en gler og brotþolnir-eiginleikar þeirra gera þau hentug fyrir börn. Hins vegar kemur ryðfrítt stál einnig í mismunandi stigum. Þynnra ryðfríu stáli er hættara við að beygja sig og ef það eru flísar getur það losað þungmálma. Að auki ætti að huga að öryggi málningar. Foreldrum er bent á að velja matar-ryðfrítt stál og helst frá virtum vörumerkjum.
Plast: Plast er líka mjög algengt efni í vatnsflöskur. Það er létt og kemur í sætum formum og litum, sem gerir það vinsælt hjá mörgum börnum. Foreldrar hafa þó mestar áhyggjur af öryggi plastsins. Þeir mæla með því að velja matar-örugg plastefni og skipta þeim reglulega út.